A 2 de Novembro de 2011 é celebrado um protocolo de cooperação entre a ESESFM e o Hospital Professor Doutor Fernando da Fonseca, E.P.E., que visa regular a relação entre as partes no domínio do ensino, da investigação e da prestação de serviços à comunidade, em áreas e campos temáticos comuns ou complementares às duas instituições.